En este lugar estaba la Hacienda LAS MARGARITAS, era gran latifundio, en cual trabajaban indígenas TOJOLABALES y pertenecía al entonces DEPARTAMENTO DE COMITAN. Fue creciendo su población y el GOBERNADOR JOSE PANTALEON DOMINGUEZ, (1864-1871) se vio en la necesidad de fraccionarlo, emitiendo decreto el 9 DE DICIEMBRE DE 1871 para crear el Pueblo con el mismo nombre de LAS MARGARITAS, ordenando a la vez dar terreno para casa habitación y patio a cada familia de los trabajadores, así como trazar para el Parque Central, Mercado, Templo Católico, calles y avenidas. Años después el GOBERNADOR JUAN SABINES GUTIERREZ, (1979-1982), decretó el 24 de Marzo de 1981 su ascenso a la categoría de CIUDAD. Esta situada a mil 500 metros sobre el nivel del mar, cuenta con 300 localidades rurales, entre éstas PLAN DE AYALA, BAHUITZ, CHIAPAS, COLEM, BAJUCU, cruzando su territorio los rios, un ramal del Usumacinta, Santo Domingo, Dolores, Caliente, Eusaba, Jitate, San Joaquin, Yaxja y las Lagunas Miramar y Vergel, estimándose que tiene 150 mil habitantes.Colinda con los Municipios de OCOSINGO, ALTAMIRANO, CHANAL, COMITAN, INDEPENDENCIA Y LA REPUBLICA DE GUATEMALA. De Educacion, Cultura, Recreacion, Deporte y Salud, existe la infraestructura adecuada para atender la demanda de su población. En Comunicaciones y Transportes, esta la carretera que enlaza con la carretera PANAMERICANA,así como caminos al interior municipal. La economía está basada en Agricultura, Ganadería, Explotación Forestal y Turismo ofrece atractivos de las Ruinas Arqueológicas de XINTAHUAL, SAN JOAQUIN, SAN MATEO, PALOMA REAL, LOS CIMIENTOS Y MONTE GUERRERO, EL TEMPLO DE SANTA MARGARITA, LAS CASCADAS DE SANTO DOMINGO, LAGUNAS Y BONITOS RIOS. Ha de recordarse que LAS MARGARITAS padeció el embate de los alzados zapatistas, el primero de enero de 1994, cuando unos 300 encapuchados y armados irrumpieron en la madrugada, sorprendiendo a Policías Estatales en el PALACIO MUNICIPAL, dejando 3 muertos y 3 rehenes, cerrando con barricadas las entradas del pueblo, ponchando las llantas de una Patrulla. La población estuvo secuestrada y en zozobra, como dos días, porque ningún cuerpo policíaco llego ya que el EJERCITO Mexicano se batia por San Cristobal, Ocosingo y Altamirano. MARGARITAS fue desalojada cuando los Obispos católicos , lograron intervenir para que iniciará la pacificación.