Heberto Castillo falleció a las 9:50 horas del 5 de abril de 1997 en Ciudad de México. Desde el 17 de marzo fue internado en el Hospital Los Ángeles por dolor en el pecho. Tres días después fue intervenido quirúrgicamente por un infarto de miocardio. su estado se agravó y el 4 de abril los médicos «manifestaron pocas esperanzas de salvarle la vida». Finalmente, por la mañana del día siguiente sufrió un mortal segundo ataque cardíaco.[43] Inclusive su muerte fue mencionada en un comunicado del Ejército Popular Revolucionario,.- Heberto Castillo, ingeniero y dirigente social, líder del movimiento estudiantil de 1968 y fundador del Partido Mexicano de los Trabajadores, del Partido Mexicano Socialista y del Partido de la Revolución Democrática.
Con un amplio legado, que empieza por la aportación internacional a la ingeniería, también actuó como docente por cerca de 18 años en la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) y en el Instituto Politécnico Nacional (IPN). Y trabajó como articulista en las revistas Siempre y El Proceso, y en los periódicos Excélsior, y El Universal. Pero la contribución más importante de Heberto Castillo es su actuación en la política, en que empezó a participar más efectivamente en 1961, cuando se unió al Movimiento de Liberación Nacional (MLN). En 1968, participó del Movimiento Estudiantil con la Coalición de Profesores de Enseñanza Media y Superior Pro Libertades Democráticas. Al unirse al movimiento, demandando respeto a las libertades individuales, fue privado de su derecho a la privacidad, víctima de espionaje por la Dirección General de Investigaciones Políticas y Sociales, también vigilado por la Dirección Federal de Seguridad. Sufrió detención arbitraria en 1969, cuando fue encarcelado por su actividad política, episodio narrado por él propio en mayo de aquel año desde la cárcel,
Castillo acompañó al expresidente Lázaro Cárdenas del Río en algunos de sus recorridos por el país, invitado por su alumno Cuauhtémoc Cárdenas Solórzano. Incluso llegó a ser secretario particular de Cárdenas del Río en 1956. Comenzó su participación política acompañando al expresidente a la «Conferencia Latinoamericana por la Soberanía Nacional, la Independencia Económica y la Paz», efectuada en la Ciudad de México del 5 al 8 de marzo de 1961. De esa reunión surgió el Movimiento de Liberación Nacional (MLN), que tenía el propósito de unificar la izquierda mexicana. Castillo formó parte de su Comité Nacional y llegó a ser su dirigente.
Posteriormente, lideró la delegación mexicana que participó en la Primera Conferencia de Solidaridad con los Pueblos de Asia, África y América Latina, que se llevó a cabo del 3 al 12 de enero de 1966 en La Habana. Apoyó también movimientos como los de los ferrocarrileros —1959-1960— y los médicos —1965— en exigencia de mejoras salariales. No obstante, fue su participación en el movimiento estudiantil de 1968 la que, según Fernández Zayas (2005), le dio «enorme prestigio». Siendo profesor de la Facultad de Ingeniería de la UNAM, formó parte de la Coalición de Profesores de Enseñanza Media y Superior Pro Libertades Democráticas, junto con otras figuras como José Revueltas y Elí de Gortari.
En este sentido, el 21 de agosto participó, junto con personajes como Ifigenia Martínez y Víctor Flores Olea, en una edición del programa Anatomías de Jorge Saldaña transmitido por Telesistema Mexicano, en el que por primera vez se discutió el movimiento estudiantil. Se produjo a propuesta del propio Castillo, que lo planteó el día anterior durante su intervención en un mitin frente a la Rectoría de la UNAM. En ese programa aseguró que el movimiento no era «obra de delincuentes ni tiene propósitos de subversión del orden institucional Los líderes estudiantiles están dispuestos a entablar un diálogo con las más altas autoridades del país».[24][25] Seis días después, durante la manifestación convocada por el Consejo Nacional de Huelga (CNH), que reunió a unas 400 000 personas, fue uno de los oradores —en representación de la Coalición de Profesores— que dieron su discurso en la Plaza de la Constitución.
El 28 de agosto, luego de una reunión de la Coalición de Profesores, un grupo de policías lo intentó secuestrar y golpeó severamente afuera de su casa. Escapó y horas después, en torno a las cinco de la mañana del día siguiente, en la Ciudad Universitaria caminó hasta «topar con una guardia de estudiantes de Medicina Veterinaria que […] me llevaron a los servicios médicos». Según su propio relato: «Supe que tenía fisura en el cráneo, herida en el viente […] Una rodilla me sangraba mucho y tenía los dedos de las manos luxados». En conferencia de prensa, la Coalición y la CNH condenaron la agresión.
Elección presidencial de 1988.
A mediados de junio de 1987 alrededor de dos mil campesinos afiliados de Veracruz al PMT le propusieron como candidato presidencial pemesista. Además, recibió el apoyo de 154 comités de base de la primera formación. El 6 de septiembre siguiente, participó en una elección primaria de la formación y tres días después el Colegio Nacional de Electores del PMS informó que se perfilaba como virtual candidato. De acuerdo con el propio Castillo, en un artículo de Proceso, fue elegido «con [119 600] votos de los [216 000] válidos, el 55% del total». Finalmente, el PMS lo declaró su candidato presidencial el 14 de septiembre. Meses después declino su candidatura en favor del Ing. Cuauhtémoc Cardenas solorzano.